Ngô Bảo Châu trưởng thành trong 1 gia đình theo Phật giáo. Mặc dù khẳng định triết lý và văn hóa Phật giáo đã thấm sâu vào con người ông như nhiều người Việt Nam khác, tuy nhiên ông xác định mình không phải là Phật tử "theo nghĩa toàn vẹn nhất" của từ này. Khi được hỏi về quan điểm đối với giáo lý Phật giáo, ông cho rằng "Triết lý Phật giáo cho con người một nhân sinh quan rộng rãi, giải phóng nhiều định kiến. Đấy là một tố chất cơ bản của nhà khoa học".[39]

Ngày 19 tháng 5 năm 2016, nhân ngày sinh nhật lần thứ 126 của Hồ Chí Minh, Ngô Bảo Châu viết trên Facebook cá nhân của mình: